Fabuła przenosi nas w okres trzeciej wyprawy krzyżowej, dowodzonej przez angielskiego króla Ryszarda Lwie Serce. Wydarzenia dzieją się na Ziemi Świętej, między innymi w Jerozolimie. Wcielamy się w postać Altaira – członka tajemniczego klanu zabójców, zupełnie nie przejmującego się problemami natury politycznej i teologicznej oraz nie stającemu po żadnej ze stron konfliktu. Dlatego też w trakcie zabawy przyjmujemy zlecenia zarówno chrześcijan jak i mahometan, którzy za pomocą skrytobójstwa próbują załatwiać swoje interesy.
