Gracz wciela się w postać Gordona Freemana, młodego naukowca, doktora fizyki teoretycznej pracującego w sektorze materiałów anomalnych w tajnej bazie Black Mesa Research Facility gdzieś na pustyni w stanie Nowy Meksyk. Jest to fikcyjny ośrodek, przypuszczalnie wzorowany na laboratorium Los Alamos National Laboratory oraz Strefie 51.
